Jose Sosa ve Filip Novak’ın sezon sonu bitecek olan sözleşmelerini uzatmaya karar veren ve bu konuda hem oyuncular hem de menajerleriyle görüşmelerini sürdüren Trabzonspor’da Joao Pereira’nın geleceği ise merak konusu oldu. 2016-2017 sezonunun ara transfer döneminde Sporting Lizbon’dan transfer edilen Joao Pereira’nın sözleşmesi 5 Şubat 2018’de 2 yıl daha uzatılmıştı. Haziran 2020’de sözleşmesi bitecek olan 35 yaşındaki futbolcuyla geleceği için henüz bir görüşme yapılmadığı kaydedildi. Trabzon’u çok seven ve Bordo-Mavili kulüpte kariyerini sonlandırmak isteyen Portekizli sağbekin 1+1 yıllık daha sözleşme istediği gelen bilgiler arasında. Ancak Trabzonspor’da teknik heyet ve yönetimin oyuncu için henüz karar vermediği öğrenildi. Pereira, bu sezon ligde oynanan 11 maçın tamamında forma giyerken Avrupa Ligi’nde 6 maçta görev aldı. Bu maçlarda 2 asist yapıp 1 gol attı.