Eleştirmenler başkanlık sisteminin oy verenlere parlamenter sistemdeki gibi hesap sorma hakkı vermedeğini ifade ederler. Devlet başkanı veya meclis karşılıklı olarak birbirlerini suçlayarak mesuliyetten kaçabilirler. Eski Maliye Sekreteri C. Douglas Dillon ABD'yi tanımlarken, “Başkan kongreyi suçluyor, kongre başkanı suçluyor ve halk kafası karışık halde kalakalıyor” demiştir.
Liderlik değişiminde engeller
Başkanlık sisteminde görülen başka bir problem de devlet başkanını görev süresi dolmadan görevden alamamaktır. Devlet başkanı; verimsiz ve halk tarafında sevilmeyen bir hale gelse ve hatta politikaları halkın çoğunluğu tarafından kabul görmese bile görev süresi dolana kadar görevde kalır. Örneğin ABD'nin dokuzuncu devlet başkanı William Henry Harrison'ın başkanlığının otuzikinci gününde ölmesiyle yerine geçen John Tyler, başkan olduktan sonra partisinin karşısında durmaya başladı ve önerilen pek çok yasayı veto etti. Bunun sonucu olarak pek çok kabine üyesi istifa etti ve Tyler partiden ihraç edildi. Başkanlık sisteminde bir cumhurbaşkanı sırf sevilmediğinden dolayı görevinden alınamasa da pek çok ülkede askeri darbecilerce cumhurbaşkanı görevden alınmıştır.
Parlamenter sistemlerde beğenilmeyen liderler güvenoyu yoklaması ile kolaylıkla görevden alınabilirler.
Ülkelerin siyasi geleneklerine göre farklılıklar..
Bazı siyaset bilimcilere göre başkanlık sisteminin tamamen kendisine özgü şartları olan ABD dışında, istikrarlı bir demokrasi yarattığı görülmemektedir. Aksine, tüm yürütme gücünün devlet başkanının elinde toplanması, demokratik denge unsurlarının yeterince güçlü olmadığı toplumlarda kolayca otoriter rejime yol açabilmektedir.
