Taşınmaz hukukunda en fazla uyuşmazlığa konu olan kavramlardan biri hiç şüphesiz ecrimisildir. Halk arasında çoğu zaman "işgal tazminatı" olarak bilinen ecrimisil, bir taşınmazın malikinin rızası dışında kullanılması nedeniyle haksız kullanıcıdan talep edilen kullanım bedelidir. Ancak uygulamaya bakıldığında, ecrimisil kurumunun amacı ile uygulama arasında zaman zaman önemli farklılıklar ortaya çıkmaktadır. Özellikle Hazine, belediye ve diğer kamu kurumlarına ait taşınmazlar bakımından düzenlenen ecrimisil ihbarnameleri, her yıl binlerce kişinin idari yargıya başvurmasına neden olmaktadır. Bu durum, uygulamada bazı sorunların halen çözüme kavuşturulamadığını göstermektedir.
En önemli sorunlardan biri, işgal tarihinin sağlıklı şekilde belirlenememesidir. Ecrimisil hesabının temelini işgal süresi oluşturmasına rağmen, bazı işlemlerde somut deliller yerine varsayımlara dayalı tarihler esas alınabilmektedir. Oysa hava fotoğrafları, uydu görüntüleri, elektrik ve su abonelik kayıtları, tapu kayıtları ve yerinde yapılacak teknik incelemeler birlikte değerlendirilmeden sağlıklı bir sonuca ulaşılması mümkün değildir. Bir diğer önemli problem ise ecrimisil bedelinin belirlenmesidir. Kanunun amacı haksız işgal nedeniyle oluşan kullanım zararını gidermektir; kişiyi cezalandırmak değildir. Buna rağmen uygulamada zaman zaman taşınmazın gerçek kira değeri yerine yüksek ticari beklentiler esas alınarak ecrimisil hesaplandığı görülmektedir. Bu da vatandaş açısından ağır mali yükler doğurabilmektedir. Bilirkişi raporları da ayrı bir tartışma konusudur.
Aynı mahallede bulunan benzer taşınmazlar yerine farklı özelliklere sahip emsallerin seçilmesi, taşınmazın fiili kullanım şeklinin dikkate alınmaması veya raporların yeterince gerekçelendirilmemesi mahkemelerde bozma nedenleri arasında yer almaktadır. Bilirkişilik kurumu, teknik bir değerlendirme mekanizması olmasının yanında adaletin gerçekleşmesine de doğrudan katkı sağlamaktadır. Bu nedenle hazırlanacak raporların bilimsel ve objektif verilere dayanması büyük önem taşımaktadır. Paylı mülkiyete konu taşınmazlarda ise uyuşmazlıklar daha da karmaşık hale gelmektedir. Her paydaşın diğer paydaşlardan otomatik olarak ecrimisil isteyebileceği yönünde yaygın bir kanaat bulunsa da hukuken durum böyle değildir. Yargıtay'ın yerleşik içtihatlarına göre, çoğu durumda öncelikle "intifadan men" şartının gerçekleşmesi gerekmektedir. Bu husus göz ardı edildiğinde açılan davalar reddedilebilmektedir.
Uygulamada dikkat çeken bir başka yanlış anlayış ise ecrimisilin kira bedeli gibi değerlendirilmesidir. Bazı idareler yıllarca aynı kişiden düzenli olarak ecrimisil tahsil etmekte, buna rağmen taşınmazın tahliyesi yönünde herhangi bir işlem yapmamaktadır. Oysa ecrimisil, kişiye kullanım hakkı veren bir sözleşme değildir. Aksine, hukuka aykırı kullanımın karşılığı olarak alınan bir tazminat niteliğindedir. Dolayısıyla ecrimisil alınması, işgalin hukuka uygun hale geldiği anlamına gelmez. Vatandaşların en fazla hata yaptığı konulardan biri de başvurulacak yargı yoludur. Kamu idareleri tarafından düzenlenen ecrimisil ihbarnamelerine karşı idari yargıda iptal davası açılması gerekirken, özel kişiler arasındaki ecrimisil talepleri adli yargının görev alanına girmektedir. Yanlış yargı yerinde açılan davalar ise hem zaman hem de hak kaybına neden olabilmektedir.
Son yıllarda yüksek enflasyon ve taşınmaz kira bedellerindeki hızlı artış da ecrimisil uyuşmazlıklarını artırmıştır. Özellikle kıyı alanları, ticari bölgeler ve değer kazanan şehir merkezlerinde hesaplanan ecrimisil bedelleri oldukça yüksek seviyelere ulaşabilmektedir. Bu nedenle idarelerin işlem tesis ederken ölçülülük ilkesini gözetmesi, bilirkişilerin objektif kriterlere bağlı kalması ve yargının etkin denetimini sürdürmesi büyük önem taşımaktadır. Sonuç olarak ecrimisil, mülkiyet hakkını koruyan önemli bir hukuki kurumdur. Ancak bu koruma sağlanırken hukuki güvenlik, ölçülülük ve hakkaniyet ilkelerinden uzaklaşılmaması gerekir. Aksi halde mülkiyet hakkını korumak amacıyla oluşturulan bir mekanizma, yeni mağduriyetlerin doğmasına neden olabilir. Hukukun temel amacı yalnızca uyuşmazlıkları çözmek değil, aynı zamanda adalet duygusunu güçlendirmektir. Ecrimisil uygulamalarında da bu denge korunabildiği ölçüde gerçek anlamda adalet sağlanabilecektir.